A história se passa na ilha de Ayakashima e acompanha Yukito, um jovem que tem o misterioso poder de manipular água. Ao lado de Jingi, um dos alunos de seu falecido pai, Yukito retorna para a ilha onde nasceu e se depara com outros dois homens que o esperavam, dando inicio assim a um série de eventos que prometem envolver grandes segredos por trás de Ayakashima.