Depois de terem sua cidade destruída por um kaiju (monstro grotesco, parecido com godzilla) quando eram crianças, Kafka Hibino e Mina Ashiro decidem se juntar a Força de Defesa Japonesa para combater as criaturas, mas após falhar diversas vezes nos testes, Kafka não conseguiu se tornar um membro do exercito, sendo designado para um esquadrão focado na limpeza da cidade após as batalhas. Certo dia, um pequeno monstro falante entra em seu corpo pela boca, fazendo com que ele ganhe a habilidade de se transformar em um kaiju e se manter consciente. Graças a essa nova capacidade, ele passa a ser conhecido como Kaijuu No.8, o primeiro a conseguir escapar do Esquadrão da Força de Defesa Japonesa.