A história se passa em um futuro onde a humanidade foi obrigada a abandonar a Terra por conta da invasão de máquinas vinda de outro mundo. Como forma de defesa, androides especializados em combates foram criados para tentar retomar o planeta. O enredo segue 2B e 9S, dois androides que acabam se envolvendo em situações inesperadas, desenterrando evento do passado e da origem das máquinas que deveriam permanecer ocultos.