Em um novo dia na região de Kanto, Satoshi é convidado pelo Professor Yukinari Ookido para a cerimônia de abertura do laboratório do Professor Sakuragi em Vermillion City. Durante o discurso cerimonial, o Professor Sakuragi recebe um alerta sobre um Pokémon possivelmente raro aparecendo no porto de Vermillion City, levando Satoshi e os outros treinadores a correrem para a área na esperança de encontrar o Pokémon misterioso. No porto, eles encontram Lugia – um Pokémon Lendário – em combate com outros treinadores. Percebendo as táticas dos outros treinadores, Satoshi faz seu parceiro, Pikachu, atacar Lugia com um ataque Thunderbolt. Imperturbável, Lugia foge, mas não antes de Satoshi saltar de costas com determinação. Para surpresa de Satoshi, ele conhece outro garoto, Gou, que também pulou nas costas de Lugia. Os dois viajam nas costas de Lugia enquanto isso os leva em uma aventura bizarra através dos mares. Ao deixar os dois voltarem ao chão, Satoshi e Gou se despedem de Lugia e retornam ao Instituto Sakuragi. Impressionado com as descobertas de Gou e com a visão de Satoshi obtida durante o encontro, Sakuragi pede que a dupla seja sua nova parceira de pesquisa. E assim começa a jornada da dupla, viajando por diversas regiões para conhecer muitos novos Pokémon, incluindo aqueles que têm a capacidade de Gigantamax!