A história acompanha Kenshin, um samurai que vagou pelo Japão durante mais de 10 anos até conhecer uma garota chamada Kaoru e encontrar abrigo no Dojo Kamiya. Devido ao seu passado como um assassino, Kenshin decidiu nunca mais matar, mas o passado que tanto deseja apagar não o deixará para trás também facilmente, o forçando a ter que voltar a brandir sua espada.