A história acontece no mundo fictício de Fa’Diel. A Árvore de Mana, doadora de mana e vida para o mundo, quase foi queimada nove séculos antes dos eventos do jogo. Uma guerra eclodiu entre fadas, humanos e outros à procura do pouco poder de mana que restava. Um herói, controlado pelo jogador, é encarregado de restaurar o mundo e o mana. As Terras Fa’Diel são povoadas por um grande número de criaturas diferentes, incluindo humanos, fadas, demónios, a raça Jumi, Brotos e Flores, ursos mineiros chamados Dudbears e seres sombrios do Submundo conhecidos como Shadoles. Fa’Diel também abriga um grande número de animais e objetos antropomórficos, bem como monstros de outros títulos de Mana, como Rabites, Chobin Hoods e Goblins. O jogador controla o protagonista do jogo, que é um protagonista masculino ou feminino