Senpai wa Otokonoko Makoto Hanaoka, uma estudante feminina do segundo ano, atrai facilmente a atenção de outras pessoas. A estudante do primeiro ano Saki Aoi não é exceção, e ela se apaixona por Makoto à primeira vista. Tendo uma personalidade vibrante e vigorosa, ela não hesita em confessar seus sentimentos ao seu veterano. No entanto, Makoto difere significativamente da pessoa que Saki percebe: Makoto não é uma menina, mas sim um menino travestido! Depois de revelar seu segredo bem conhecido para Saki, Makoto espera que ela fique enojada. Surpreendentemente, ela é cativada por essa revelação. No entanto, ele ainda a rejeita, mas a determinação de Saki não a impede de declarar que ela se tornará seu primeiro amor. Com Saki e seu amigo de infância ao seu lado, o mundo de Makoto se ilumina, dando-lhe força em meio à sua luta entre seus interesses e as expectativas colocadas sobre ele.