A história se passa em um mundo onde jovens são criados por robôs em berçários escondidos no subsolo, ficando isolados da superfície. Tokio é uma dessas crianças e sonha em ver o céu azul e os mistério além das paredes do berçário. Ao mesmo tempo, Maru e Kiruko exploram o que um dia foi conhecido como Tóquio em busca do paraíso prometido, tentando ao máximo sobreviver em um ambiente desolado onde criaturas sobrenaturais vivem.